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KASP SNP分型技术经验分享(二)

版权所有,转载请联系基因市场部
2017-09-26

自推出该专题以来,受到超多的点赞和围观,更是让小编觉得这个专题有意义,故这次换了一辆大巴,欢迎更多的同道中人及感兴趣的朋友上车

背景知识

KASP技术的反应过程是PCR,反应体系中除了gDNA外,包含Assay mixMaster mix,那么Master mix里面除了关键性的带有荧光的接头序列、镁离子、dNTP等外,还含有ROX内参荧光。

经常就会有人问小编,这个ROX内参具体有什么作用?像做western BlotqPCR那样使用内参蛋白/内参基因用来校正上样量、上样过程中存在的实验误差,保证实验结果的准确性吗?答案差不多,但区别是KASP是个定性去检测SNP分型的技术,具体来看看原始说明:

The passive reference dye ROX is also used to allow normalization of variations in signal caused by differences in well-to-well liquid volume. 
”

相信大家已迫不及待想看看这均一化处理前后的变化、差别了吧,直接上图

Normalization前后对比.pngNormalization前后对比.png

有没有,从上图cluster plot比较中可清楚看出Normalization的重要性,均一化处理后的结果更加明确、漂亮,这用来发文章绝对亮眼。注:上述实验是手动人工做的Trial kit试剂盒,数据是通过KlusterCaller软件分析的。

背景知识

KASP技术的优势之一就是对仪器的兼容性很好,咱们实验室普通的荧光定量PCR仪或者酶标仪即可,包含FAM、HEX(或VIC也行)、ROX这几种通道。

故如果有老师们自己购买试剂在实验室里使用KASP技术时,记得勾选ROX通道进行Normalization处理哦,注意:使用Bio-radCFX系列的定量仪时,仪器本身可以检测ROX荧光,但没办法做Normalization处理,故即使勾选了也没用,但如果您想在klusterCaller软件上分析结果时,务必勾选ROX通道。

Biorad ROX说明.png

 

往期分享

KASP SNP分型技术经验分享(一)

http://www.genecompany.com/index.php/Home/Exchange/shownewapply/id/92.html



技术负责人:

成小姐     TelWeChat18817595251

                 EmailShirley_cl@baygene.com

 


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