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2020最值得期待的技术之 Visium空间转录组,带您探索新维度

版权所有,转载请联系基因市场部
2020-03-04



传统的转录组学研究手段(表达谱芯片/Bulk RNA-seq)通常将组织或者细胞全部研磨抽提总RNA,这样做的结果是得到所有细胞的平均基因表达水平,细胞的异质性会被掩盖。事实上每种类型的细胞有着不同的表达谱,近几年的单细胞测序很好的解决了这个问题,它能够揭示成千上万细胞的异质性和亚群表达差异,甚至是新细胞亚群。只做到这些还是不够的,没有空间位置上的信息,不能反映某一细胞群在组织上的哪些区域表达。而这些对研究组织整个发育进程,了解肿瘤的异质性,了解免疫的浸润性是至关重要的。此外,传统的免疫组化和原位杂交实验,只能得到少数已知基因在组织上的定位情况,并不能一次实验所有基因都观察得到。2020年,10x Genomics Visium空间转录组技术的到来,让这些问题迎刃而解,真正实现转录组时空性研究在空间维度上的突破。




Visium空间转录组技术原理

Visium空间转录组研究是将组织学研究(切片和H&E染色)与转录组学研究(芯片技术&测序技术)结合,实现空间信息和转录本信息的同时获得,没有组织解离引入的偏好性,保留组织构造和细胞微环境,在异质性的组织中鉴定细胞的类型。

没有组织解离引入的偏好性,保留组织的构造和细胞微环境,在异质性的组织中鉴定细胞类型。并通过PolyA捕获以及创新的空间条形码技术制备RNA测序文库,定位绘制复杂组织样本空间上的基因表达。

Visium空间转录组使用特制的载玻片,即特质的芯片,它上面有数千个由条形码标记的空间位置点(spots),每个点(spot)包含的数百万条捕获寡核苷酸探针并带有独一无二的空间条形码(图1)。组织切片进行固定,染色,透化后释放mRNA与组织相应位置附近的捕获寡核苷酸探针结合。逆转录反应也在载玻片上原位进行,后续生成的cDNA文库包含空间条码并保存空间信息。条码标记的cDNA文库被映射回捕获区域的特定空间位置点(spot)。基因表达数据随后叠加到高分辨率显微镜下的组织切片图像中,实现以空间分辨率的方式观察组织形态学背景下可视化任何mRNA或mRNA组合表达的空间分布。

图1. Visium 原理示意图(来自10X genomics Visium)


Visium空间转录组应用领域

空间转录组的应用方向包含了肿瘤学,免疫学,发育生物学,神经科学及病理学。

截止2020年2月,该技术已成功用于胰腺导管腺癌、人类心脏的发育、肌萎缩性侧索硬化症、III期皮肤恶性黑色素瘤、乳腺癌、前列腺癌等多种疾病癌症及组织发育时空表达等研究中,且研究成果大都发表在Science、cell等高水平期刊。欢迎留言或咨询,可送上相关数十篇文献。



基因集团贝晶生物致力提供专业的Visium空间转录组服务

基因集团上海贝晶生物技术有限公司十多年来一直致力于转录组服务及相关数据分析,服务用户发表了很多高质量的论文,不乏在署名作者以及致谢中提及我司及生信人员的例子。


10x Genomics公司推出突破性的Visium空间转录组解决方案后,我司作为中国签约服务商立即引入该项目,向广大用户提供全方位的空间转录组服务。


1. 完善的实验平台——官方推荐认可的仪器设备及试剂

2. 优秀的技术团队——国内知名高校的资深实验团队以及具备自主研发软件的生信团队

3. 一站式的服务——提供从组织切片、染色、透化、文库构建、测序到数据分析以及结果可视化的全程服务。



贝晶空间转录组服务流程



贝晶空间转录组生信分析

秉承官方的数据分析,超越与扩展更多的分析


1. 基于整体转录组的聚类 (更优秀的聚类算法)


2. 基于基因水平的聚类(共表达分析 图2) New!


3. 基于空间信息的差异基因检出(图3)New!

图2. 基于基因共表达的聚类

图3. 基于空间信息的差异基因检出



如果您是从事肿瘤、免疫、发育生物学、神经科学、病理学等方面研究;如果您想更全面的了解Visium空间转录组,请您联系身边的基因人索取空间转录组服务手册及相关文献。

基因有限公司/上海贝晶生物技术公司

邮箱:order@genecompany.com(基因)

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