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空间转录组研究文献总结(一):前列腺癌的异质性

版权所有,转载请联系基因市场部
2020-03-25

空间转录组学技术简而言之就是定位组织上的细胞位置,然后透化原位捕获mRNA并测序,再将测序的数据回归到组织上的每个细胞中。上次已为大家介绍了最新最热的10X Visium空间转录组技术的原理、流程和应用领域。接下来的几期会为大家介绍该技术在肿瘤免疫学以及发育生物学等领域中的具体应用案例。

研究背景




单细胞RNA-Seq(scRNA-Seq),已在单个细胞的水平上发现了肿瘤内基因表达的异质性,液滴微流体和条形码的使用使分析数千个细胞成为可能。在一定程度上来说,scRNA-Seq数据空间信息的缺乏是可以通过计算推断来实现。目前的原位测序技术受限于检测的基因数目,整个转录本的空间维度以及肿瘤微环境在前列腺癌中仍未被探索。



研究思路


研究思路:

将病人根治性切除后的前列腺癌组织按病理学家的注释做了共计12张切片,合计分析了5910个区域。分别分析了癌症邻近区域空间上转录组异质性,癌症切片与空间表达图谱的一致性,癌症边缘区域与中心区域的基因表达差异,癌症与炎症微环境的空间表达谱和拷贝数的缺失和重复这五个方面,为前列腺癌的发生发展提供了新的视角。




研究结果





1.癌症邻近区域空间上转录组异质性


对样本进行因子分析,所得到的因子活性图与组织学的结果一致。PCA可以证明不同区域间有明显分界线。层次聚类分析因子间的相互作用。最终找到了一些区域特异表达的Marker基因。

图1.癌症组织样品的空间表达的异质性。


2.癌症组织切片共有的空间表达模式

通过不同切片上的相同细胞类型的比较,发现因子分析与组织学的结果一致。而不同患者之间的比较发现存在广泛的肿瘤异质性。

图2.三张癌组织切片的组织学和共有基因表达因子


3.癌症边缘区域与中心区域的基因表达差异

图3.肿瘤在中心和边缘上的空间转录组比较

对样品1.2、2.4和3.3的癌中心与边缘区域的通路比较发现,1.2和2.4的癌中心激活的通路主要与细胞代谢相关,边缘区域的激活通路主要与应激、炎症有关。样品3.3的癌边缘区域有更高的代谢水平,癌中心表达更高水平的内吞、吞噬和溶酶体,这些都与清除细胞碎片和死亡细胞有关。



4.癌症与免疫微环境的空间表达谱

经对12个样品的分析,发现对炎症注释区域两个样品(3.1和4.2)的炎症因子是活跃的。进一步分析发现反应性基质比基质细胞更接近于炎症和癌腺,正常基质与细胞运动和粘附以及雄激素信号和补体系统有关,反应性基质富集了氧化应激和ILK信号。

图4.基质的异质性和反应性基质中炎症微环境



5.拷贝数的缺失和重复

为了补充空间基因表达模式,检测了全基因组测序数据的拷贝数。发现组织学正常的样本中没有一例显示缺失片段的发生率增加。外显子区域每个拷贝数中缺失碱基对出现次数增加的样本会有癌变区域或更大的炎症区域。缺失和重复大多在局部发生,具有缺失或重复的基因主要在组织内的小区域表达。


如果您是从事肿瘤、免疫、发育生物学、神经科学、病理学等方面研究;如果您想更全面的了解Visium空间转录组,请您联系身边的基因人索取空间转录组服务手册及相关文献。

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