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做ChIP实验吗?Covaris AFA来帮您!!

版权所有,转载请联系基因市场部
2020-06-30

染色质免疫沉淀技术(Chromatin Immunoprecipitation,ChIP)是研究DNA与蛋白质相互作用的常用实验技术。在自然状态下固定蛋白-DNA复合物,随后将染色质随机打断为一定长度范围内的小片段,通过免疫学方法富集目标复合物从而得到相应DNA片段,获得蛋白质与DNA相互作用信息。




ChIP实验的一般流程



直观示意图


Reference: Huang C, Wu JC. Epigenetic Modulations of Induced Pluripotent Stem Cells: Novel Therapies and Disease  Models. Drug discovery today Disease models. 


好的开始等于成功了一半,对于ChIP实验而言,良好的染色质剪切效果是ChIP实验过程中至关重要的步骤,直接决定了ChIP实验能否成功。今天我们就来聊一聊染色质剪切过程中的一些小tips。

01

甲醛固定

甲醛固定是ChIP实验中非常关键的步骤,甲醛固定使蛋白与核酸交联,在固定交联过程中甲醛浓度和作用时间对交联效果有显著影响,有效的固定能保证剪切过程中蛋白-DNA 复合物状态,同时再IP后能高效解交联。Covaris推荐使用新鲜的不含甲醇的1%单体甲醛室温进行固定,可以取得比多聚甲醛更好的固定效果,固定时间可根据不同的样本进行调整,通常针对干细胞和原代细胞,固定2.5和5min,其他细胞固定5和10min即可。



甲醇的影响


甲醇会增加细胞通透性,容易造成固定过度



固定时间的影响


根据样本类型和实验目的优化固定时间,固定时间过长,染色质固定过度会造成染色质片段化不充分



02

裂解细胞提核

剪切前进行核制备,保证更好的剪切效果


03

染色质剪切

采用Covaris AFA(Adaptive Focused Acoustics,自动声波聚焦)技术可以帮您实现理想的染色质剪切,实现重复性高、剪切随机、染色质片段大小分布均匀、染色质片段损失小、无交叉污染的剪切效果,更好的满足下游实验的需求。




高重复性剪切


5组样品在同一条件下单独剪切,片段分布一致



高灵敏度剪切


配合Ultra Low Chromatin Kit 可完成低于10^5个细胞样本量



配套试剂盒


针对不同的样本类型Covaris提供完整剪切protocol和试剂盒



发表文献


文献发表量逐年增高


Covaris AFA技术是在传统超声波处理基础上的技术革新,通过球面固态超声换能器将声波聚焦到样本区域,对样本进行处理。聚焦声波能够以很低的能量输入获得良好的处理效果,避免传统超声能量过剩可能引起的样本处理过度即损伤。正是Covaris优良的性能,在ChIP实验染色质剪切过程中带来了不凡的表现,实现良好的重复性、剪切均匀性,精准的温控效果也保证生物大分子免受热损伤,尽可能保护生物信息的完整性,为后续的IP以及数据分析夯实基础。




基因有限公司作为一家专业性的生命科学仪器、试剂供应商,自1992年成立以来一直秉承着“Let Professionals Serve Professionals”的宗旨,力求将先进的技术方法推荐到国内,为广大客户提供包括技术咨询、产品选配、售后培训及维护的专业服务体系。作为Covaris在中国的合作伙伴及全国性代理商,可为感兴趣的客户提供专业的产品咨询、技术答疑及联系试用等,欢迎大家前来咨询。


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